荷兰人的撤退行动并不隐蔽，实际上都在台湾支队的监视之下。但是朱万杰并没有干扰荷兰人的撤离，消灭这些红毛人并不是目的，收复台湾才是大目标。不战而屈人之兵是目前最好的结果，更何况朱万化一再情调对红毛人要适当的释放善意。因此，朱万杰只是专心地过年。
毕竟战斗并没有完全结束，部队的训练也没有完全停下，特别是新到的攻坚重炮，必要的试射击，步炮的攻坚配合，还是按照操典进行了基本的训练。
部队的供应很充足，台湾早期的占领区已经可以供应部分食品。粮食、肉类都不缺少，为了过年还特意从浙江运来米酒，就地购买一些蔬菜、鸡鸭、猪肉，军营里过年的气氛很浓烈。朱万杰计划大年三十和初一放假两天，初二进军接受热兰遮等几个荷兰人的据点，海军接收澎湖列岛的主要岛屿。完成全面占领台湾之后，就要开始政权和工农业经济的全面建设了。
......
崇祯四年元月初二。
过完了新年，朱万杰、曹大力带领七营向热兰遮城进发。末正时分（下午2点）到达热兰遮城。只见城门打开，城墙上原来的旗帜都不见了，只挂了一面白旗。城门处十几个红毛人站在那里，其中一人衣着华贵，应该是红毛人的首领。见到大军开到，其中一个红毛人远远的走过来，走近了才看出此人就是红毛舰队司令斯兰特。他被带到朱万杰的面前，鞠了一躬，说道：“尊敬的朱大人，东印度公司驻台湾总督普特曼斯，在城门处等候阁下，请阁下进城。”
朱万杰胯下战马，问道：“你们这是准备投降了吗？”
“是的！尊敬的阁下。”
“前面带路！”
曹大力命令七营一连跟随进城，其余在城外警戒。然后和朱万杰一起向城门走去。城门处普特曼斯总督和他的卫士都已经解除了武装，迎候在城门处。
普特曼斯穿着红色的大衣，胸前的白色衬衣是翻花的领口，显得非常华贵，高高的个子，一脸的络腮胡子，头发胡子都是红棕色，难怪叫红毛。
他说：“我的部队和各级官员已经返回了东印度公司，我现在把热兰遮城和大员政权交给阁下，希望阁下善待我荷兰的水手、士兵，并让他们早日返回家园。请入城！”
说罢侧身站立，躬身做出请进的姿势。朱万杰记得朱万化嘱托需要向红毛人表示善意，所以昂首阔步走向城门，越过普特曼斯之后，侧身说：“总督请！”一队人马鱼贯入城。
荷兰人撤退之后，热兰遮城几乎成了一座空城，城中只有少量的中国人，还是以当地土著少数民族为主，这些人中汉奸定然不少，起码也是亲近红毛人的。因此，对这些人都进行了登记，并暂时集中管理，等待甄别。对红毛人可以客气，对汉奸就不必客气了，该杀的要杀一批，该关的要关入监狱，或者苦役改造。即便是当地部落的头人也不能客气，朱万化可不认为少数民族可以有什么特权，民族和睦需要一视同仁的法令法规和政策，特权、娇惯只能引发分裂的苗头。
进城后朱万杰并没有逮捕普特曼斯等人，而是让他们安置在教堂里。朱万杰进驻总督府，设置城防，全面接管城市。派出部队和随军的接管团队（就是曙光政务学校的学员）接管原大员政权，和周边城镇。派东海舰队和陆战队接管澎湖列岛和设在马公岛的政权机构。并派船接回台湾东海岸的俘虏和船只，都集中在热兰遮城，等待处理。
与台湾岛不同，澎湖列岛原来是有大明政权的，荷兰人占领台湾后驱逐了原澎湖县的官员。澎湖本岛与白沙岛、西屿岛成环状连接，三岛中间就是著名的澎湖湾。澎湖渔业资源丰富，历来是上佳的捕鱼场。澎湖早在宋代就有朝廷驻军和地方官吏，归福建省辖。比台湾岛归入中华版图要早得多。实际上直到明朝末年，朝廷还把台湾当做蛮荒之地，但是澎湖县的治所设在马公岛已经有数百年了。
全面占领台湾的报告也已经派交通船发回金华，台湾的政权及工农业建设还需要等朱万化的指示。
正月初十，朱万杰在总督府召见了原总督普特曼斯，朱万杰告诉他：
在台湾的荷兰人包括总督本人共298人。考虑到你们的大部分官员已经离开，所以我现在给你10个人的免罪名额，包括你本人，由你提出名单，这10人将免于追究在台湾的罪行，立即释放。另外我们已经甄别出大约50人，这些人作为第一批释放人员今天将全部释放。其余的俘虏甄别时间最多三个月。我们的优待条件是：不判死刑，一个不杀，苦役最多五年。有立功表现的，可以减轻或免除处罚。
释放人员将乘船送到荷兰东印度公司，船只由我方提供，并且有我方军舰护航，保证你们的安全。
过一段时间，大约两个月以后，我方将派出特遣舰队访问东印度群岛，洽谈双方今后的关系和贸易。希望你向东印度公司禀报此事，并所好准备。
总督大人和斯兰特先生尚未运走的私人财物，可以全部带走，其他人携带的私人财物要经过检查，公共财物及产业全部没收。
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