很快，哥斯拉成功的被人类引诱出来，但是伏击点地形狭窄，通讯又出现故障。军队没能集中好他们的火力，哥斯拉逃脱了。当剧情进展到哥斯拉用计谋干掉几架追击它的直升机时，爱丽丝不禁发出一阵惊呼。
这还远远没有完，随着电影里主角因为泄密被踢出军队的科研队伍后，剧情进展到了全新的方向，主角开始在找上门的法国特工的帮助下，开始寻找哥斯拉的巢穴，意图找到可能存在的哥斯拉卵，而自觉惭愧的前女友也和那位命大的摄影师一起追踪他们的行动。
地面上，军队再次使用诱饵吸引哥斯拉自投罗网。有了上次的经验，他们将这次的伏击点设置在了有大片空地的中央公园。不过虽然他们的布置非常严密，但是有着极高智商，而且已经吃过一次亏的哥斯拉在来到附近时认出了这是个陷阱。
最终，哥斯拉没有如愿的进入火力严密的伏击圈。它以极快的速度逃离了现场，躲过了大批的武装直升机。但是，即便它逃到海里。军队依然做好了准备，三艘核潜艇堵住了它的退路。
其中一艘潜艇首先发射了鱼雷，力图消灭哥斯拉，但是缓慢的鱼雷却被哥斯拉引到另一艘潜艇上爆炸了。余下的潜艇继续攻击，终于在哥斯拉跑回陆地前击中了它。看着哥斯拉巨大的身躯在海底发出哀鸣，爱丽丝的态度不像是之前那么绝对了。
：“只能杀了它么？”她扭过头看着沈超问道。
：“恐怕只能这样，毕竟，它的繁殖和攻击能力太强，不消灭它的话，那个世界的人类说不定就会被灭绝。”沈超听得出来爱丽丝是动了恻隐之心，毕竟，这部电影里的哥斯拉只是个动物，它不是故意来搅乱人类的生活的。它造成的巨大破坏只不过是它的巨大体型带来的副作用。
爱丽丝没有再说什么，电影还在继续，主角一行人追踪着哥斯拉留下的痕迹，终于在乱成一团的麦迪逊大厅里发现了哥斯拉的卵。当他们修复好电力，打开大灯后，他们发现这里有近200枚一人高的巨型哥斯拉蛋。
更糟糕的消息是，这些蛋马上就要孵化了。在经过一番惊险的挣扎，主角一行人遇到跟踪他们的摄影师和主角的前女友。两队人合作着利用广场里的转播设备将这里的情况发送了出去。得到消息的军队立即派出战斗机前去执行轰炸任务。
又是一番斗智斗勇的惊险过后，他们成功的在战机赶来前逃出了麦迪逊中心，躲过了轰炸。所有的刚出世的哥斯拉也都被战斗机的空对地导弹消灭了。就在这和谐的，像是典型的好莱坞电影结尾的时候。一声熟悉的巨响从地下传了出来，哥斯拉巨大的身影从地下钻出。之前的鱼雷没有干掉它！
幸存下来的几个人再次开始逃跑，费了不少事跟军队联系上。得知哥斯拉依然存活的军队让还没有返回基地的战斗机立即返航消灭哥斯拉。终于，经过一番冒险，哥斯拉被困在布鲁克林大桥上。赶到的3架战斗机战斗机来回发射了两次导弹，终于将它击倒。至死，它还在努力为自己死去的孩子报仇。看着哥斯拉那庞大的身躯倒地，沈超感受到旁边儿的爱丽丝叹了口气。
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