图书馆真正第一次遭遇实质性的破坏是在共和国末期，当时凯撒以埃及人谋杀庞培的借口，率军征服埃及，期间攻破亚历山大城市时战火损毁了位于布鲁却姆的总馆，当时传言全馆珍藏过关损毁，然而事实上损毁的只是副本，真正的馆藏都被成功转移到了分馆内。
而在这之后，随着埃及正式沦为罗马的一个行省后，亚历山大图书馆日渐式微，其珍贵藏书大约三分之一运至罗马，以充实罗马图书馆的馆藏，然而这部分珍贵藏品不幸在三世纪末叶罗马皇帝奥勒利安统治时期发生的内战。
但即使损失了三分之一的藏品，现在的亚历山大图书馆仍是当之无愧的馆藏第一，不过，如今的亚历山大城却失去了一个至关重要的东西，那就是氛围。虽然图书馆内现在还有着一些年迈的学者坚持着曾经的生活方式，但青黄不接的局面已经出现，社会求知的精神正逐渐远去、好学的风气正日益冷淡，想象一下，当这些伟大的人类文明成果失去最后的传承者，整个西方世界恐怕又会如同原先的历史上那样在中世纪到来后陷入一片黑暗！
可惜，对于这些，腐朽的权贵阶层统治者并不关心，他们只在意自己奢华的生活是否能够继续，所以当初春时的那场尼罗河意外绝地泛滥造成水灾时，远在罗马的统治者丝毫没有给予春播无法进行、爆发粮食危机的埃及多一丝的关注和抚恤，恰恰相反，派驻此地的官吏勾结当地豪族，不顾民怨沸腾、横征暴敛，结果，无以果腹的民众奋起反抗，酿成了一次严重的动乱。
突如其来的动乱造成城市遭受巨大的破坏，无数建筑被暴怒的民众推倒，物质损失难以计数，而之后的军队镇压则更是让暴力抗议变成了流血冲突，被金钱收买的军队在那些贪官酷吏的指使下，悍然举起屠刀朝向手无寸铁的无辜民众，数以万计的平民不幸死难。
昔日的学术之城、自由之城，一夕之间变成了修罗场，眼中尽是遍地瓦砾、尸横街巷，民众们被军队强制驱赶回到自己的家中，整个城市里除了铿锵的铠甲声和哗哗哗的士兵脚步声再也听不到其他的声音。
血色暴乱的影响整整持续了一周才勉强恢复，清除了暴乱痕迹后的亚历山大城似乎又开始了往日的平静生活，然而，如果你走在路上就会发现，来来往往的人们眼中再也看不到曾经拥有的那份骄傲、闲适、幸福和友好，取而代之的是恐惧、怨恨和怀疑。
整个亚历山大城的空气凝重得让人窒息，在这里，你再也呼吸不到自由的气息。时代的大潮正缓缓向这座城市袭来，可怕的东西正隐藏在城市的角落里滋长，连普照的阳光都仿佛黯淡下来，阴沉沉的天际让生活在城市中的人们彷徨无助，太阳神拉和奥林匹斯的众神无法带给他们心灵的平静和现实的希望，所以他们只能带着一丝盲目的渴望去寻求新的信仰。
于是，原本就在亚历山大城已经扎下根的基督教会终于盼来了最佳的机会，趁着暴乱，他们派出大批黑衣教士四处游说，向民众散布基督教义，他们一边试图将自己变成民众的代言人和救赎者，又一边与官方沆瀣一气，肆意镇压不愿妥协的人。然而，他们的手法很隐蔽以至于那些愚昧的民众并不能发觉，反而，似乎情况正是在基督徒的介入后才有了好转的迹象，而那些黑衣教士的如簧之舌更是让绝望中的民众找到了一丝心灵的慰藉。
然而，对于亚历山大城的主教阿非罗来说，仅仅这些，显然远远还不够，这个野心勃勃的主教一心想着将亚历山大城真正变成教会掌控的上帝之城，他要让一切异端思想彻底从亚历山大城消失！而要想达到这一点，他意识到，他最大的对手，就是亚历山大图书馆和那里依旧信奉异教的学者们！
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