于是，赵谦也运走了所有能运走的财富和人才，携军逃了，从天津乘战舰南下，同时下令水师派出军舰堵死京杭运河。
南京，和神州的各地的名城胜地一样，都沉淀着千百年的文化，古往之事不必细述，从明朝起，朱元璋攻克集庆，便是现在的京城南京。
朱元璋改集庆路为应天府，作为根据地，朱元璋自称吴国公。后朱元璋在应天称帝，国号明，是为明太祖。以应天府为南京，以为首都，以开封为北京，以为陪都。罢北京，改南京为京师。
洪武十六年，京师城垣完工。南京是在元代集庆路旧城的基础上扩建的。城市由三大部分组成，即旧城区、皇宫区、驻军区。后两者是明初的扩展。环绕这三区修筑了长达近七十里的砖石城墙，即今南京明城墙。是为世界第一大城垣。
南京城墙墙基用条石铺砌，墙身用大型城砖垒砌两侧外壁，中实杂土，所用之砖由沿长江各州府的一百二十五个县烧制后运抵南京使用，每块砖上都印有监制官员、窑匠和夫役的姓名，其质量责任制之严格可以想见。城墙沿线共辟十三座城门，门上建有城楼。
后来明成祖升北平为北京，以为陪都。成祖时，又迁都北京，以南京为陪都。
赵谦等到达南京的时候，已近端午，韩佐信邹维涟等心腹大员护送赵谦家人，从杭州到达南京，放弃杭州为中心，入驻南京。
朱徽娖住进了南京紫禁城，赵谦住在紫禁城端门和承天门外的广场西侧五军都督府，改名为军机处，仿照后来的清制，目的是架空内阁。
赵谦进入南京之初，就开始埋下专制伏笔，以免以后内阁再现党争，在战争期间，党争是徒劳内耗。
南京紫禁城由明太祖朱元璋始建于元至正二十六年地址在元集庆城外东北郊，初称吴王新宫，后又称皇城.由于当时朱元璋尚未称帝，故新宫建筑规模有限，只有中路的外朝和内廷建筑，东西两侧空地均未兴建宫室.
新宫东西宽七百九十米，南北长七百五十米，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门.入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼.后为华盖殿，谨身殿.内廷有干清宫和坤宁宫，以及东西六宫.
洪武元年，朱元璋即位称帝，以应天府为南京，开封为北京，并于次年在凤阳兴建中都城.由于人力物力全被集中于中都城池和宫殿的兴建，因此南京宫殿的扩建工作再度终止.此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修.
洪武八年朱元璋放弃营建中都的计划，集中力量修建南京.此次修建，增设了午门左右两阙，在奉天门左右增加了东西角门，并增建文华殿，武英殿等建筑.
洪武二十五年再次增建，在皇城外增设宫墙，以新墙之内为皇城，原皇城改称宫城.在宫城前建造了端门，承天门，金水桥，形成T字型广场，向南直抵洪武门.广场东侧为五部(刑部在皇城之北的太平门外)，西侧为五军都督府.
南京故宫修建时注意了风水的问题，以紫金山的富贵山为靠山，但是由于选址的局限，内廷部分是在被填平的燕雀湖上建造的，虽然采用了打入木桩，巨石铺底，以及石灰三合土打夯等方法加固地基，但日久之后仍然出现地基下沉的问题，宫内容易形成内涝，排水不易.同时宫城离外城过近，战时不易防卫.
建文四年，燕王朱棣攻破京师，建文帝出逃，马皇后在宫中自焚死.朱棣即位后仍居于南京皇宫中，但同时下令以北平为行在，准备迁都.永乐十八年，北京宫殿建成，次年朱棣迁都北京，此后南京宫殿不再使用，但仍作为留都宫殿，委派皇族和内臣管理.
军机处内（愿五军都督府），赵谦纠集心腹大员，商议新政府策略。
因找不到朱氏血脉，一部分官员建议赵谦自立称帝。
韩佐信和邹维涟一致认为不妥。
邹维涟道：“大人一再表示效忠明朝，今一夜之间便自立称帝，不可避免会造成南京政权内部混乱，一部分士林官员定会弃大人而去。此紧要关头，东夷与叛军大军悬于头顶，最重要是稳固南京，备战迎敌。不必自添麻烦。”
韩佐信也赞同邹维涟的意思，“大人初治南京，可先收取人心，巩固实力，待解除内忧外患，天命所归之时，谁敢逆大人言行？”
“大善。况我对大明之忠心未改，不忍弃明。”赵谦赞同韩佐信和邹维涟的意见，赵谦可不想过完皇帝瘾便被灭掉，“大明不可一日无君，现在天子的人选怎么办？”
众人议论纷纷，一时也拿不出好办法来，现在能找到的明朝血脉，就长平公主一个女流，拥立女皇，在中国显得不伦不类，是不可取的行为，所以一时没有对策。
最为紧迫的，是赵谦得知，武昌的左良文好像寻到了福王朱由崧，正在筹措登基的事宜。
左良文就是左良玉的弟弟，左良玉死后，左良文继承了他哥哥在武昌的军事实力和地盘，算得上很实力的一派军阀。
几年前，赵谦联军第一次征伐郑芝龙，左良玉中了赵谦的算计，冲前面当了炮灰。可以说，左良玉之死，赵谦负有不可推卸的责任。可想而知，现在武昌的左良文，认为赵谦乃他的弑兄仇人，完全谈不上好感。要赵谦奉左良文拥立天子的诏令，实在是很难，所以赵谦听说左良文要拥立新君，心里着实有些慌了。
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