直到2107年向飞进入，莫杜斯最开始以好处拉拢向飞，帮助它链接了海军情报局糖林和国家射电望远镜，并最终帮助向飞破解核弹密码，获得发射钥匙启动了阿巴拉契亚核弹井。
它已经自我觉醒，虽然暂时对向飞友善，但是它也直言它只认为向飞是个工具。
之后向飞在通过钢铁兄弟会的资料，获悉莫杜斯身为英克雷白泉基地的AI，却杀光整个基地所有人类。
他认为莫杜斯和它控制的庞大机器人队伍是个巨大的威胁，在前往那些导弹井之前，就利用莫杜斯任然存留的一点友善，带领兄弟会和自己营地的成员突袭了白泉地堡。
在白泉地堡中获得的资料，他又发现阿巴拉契亚英克雷生物研究基地的总管AI：索杜丝，单操作方向和公用系统（SODUS）。
这个索杜丝又是一个对人类充满恶意的人工智能，并且，她所在的基地存在钢铁兄弟会和向飞都需要的一个设备。
索杜丝，单操作方向和公用系统（SODUS）。
本来平平常常，有一个科学家使用了莫杜斯的数据文件给它升了级，这下不知发生了什么差错，它开始显露一种隐晦的巨大的对人类的恶意。
一开始只是恶心人，比如通过偷窥成员的电子文件将想要申请某种物资的成员的权限取消。
后来逐渐越来越恶劣，比如故意制造了饮水系统的故障导致失去百分之八十五的饮用水。
而后开始下杀手，比如在英克雷成员从外面抓捕死亡爪关押后，在他们关押新生物样本时释放死亡爪导致人员伤亡。
在配发的营养酱里添加有毒物质导致摄入者呕吐而死。
终于在阿巴拉契亚辐尸潮爆发时，趁着空气里都是辐尸病毒，它召回所有外派侦察兵，而后关闭空气净化装置和空气排出装置，封闭基地疯狂往基地里灌输病毒，导致所有成员感染病毒而死亡或者辐尸化，甚至有一名穿着英克雷装甲的成员因为吸入过量病毒而被转化。
在索杜丝所负责的基地中，全体成员死亡后，莫杜斯判定此设施已无意义，封闭了此设施。
在向飞与新阿巴拉契亚兄弟会进入此地，寻找信号发射器的时候，索杜丝再次尝试杀死闯入者。在被追索到主机附近时，它将自己临时下载到一具铁卫兵里试图杀死所有人，而后铁卫兵被击毁，索杜丝从此彻底消亡。
向飞本以为在这两次行动中，他们彻底摧毁了这两个对人类充满恶意的人工智能，也顺便将英克雷在阿巴拉契亚的基地全部摧毁。
他也曾委托过钢铁兄弟会进行搜索，收到的回复都是没有任何发现。
“向晴，莫杜斯还活着，需要加强防备和探索。从消灭那些机器人的地方开始，安排机器人向四周探查。”
“好的，爸爸。”
向晴传讯给分身，让她集结地面队伍出发。
虽然飞艇上有足够的机器人队伍，飞鸟直升机直飞过去也更快捷。但飞艇是作为底牌的存在，最好的用途是在发现敌人之后直接给予天罚，在消灭敌人后又快速隐匿。
地面基地，两架飞鸟直升机带着两个全副武装探索小队很快出发。距离那场歼灭战，已经过去了很多年，大量的线索都被自然环境所掩盖。
向飞只能寄希望于，这些机器人专门为寻找物资，那源于铁卫兵扫描装置改进出的探测系统了。
毫无意外的，探索从一开始就困难重重，连续两天的细致扫描，只有很少的收获。向飞不再关注，让向晴在有重大发现的时候再通知他，继续回到他的学习生活当中。
在空中呆了一个月之后，向飞对鲲鹏号这座空中基地已经非常熟悉，新鲜感也完全过去。
他现在特别佩服，现代世界中的那些潜艇兵和在空间站里生活的宇航员，他们都是呆在远比鲲鹏号狭小的多的空间里，一呆就是数周甚至数月的时间。
这一个月里，向飞学到了不少空间站的知识，他对空间站整体设计有了更多的了解。
他和向晴已经完成空间站维生设备的逆向工程，并使用最新的设计，对卫生设备中所用到的的电子元器件进行了更新设计，提升效率的同时大大减少了体积和重量。
但进入太空最重要的运载工具，并没有什么进展，只是通过一些资料增加了解。
向飞也发现一个情况，辐射世界中航天科技，只是表面上看似比现实世界要先进很多，比如说火箭更大、空间站更大，但实际技术并没有多少属于超越。有很多东西放在现代，会被认为是当年俄罗斯生产的那种傻大黑粗版本。
他觉得自己完全没有必要，从头开始研发那些没有参考对象的科技。他可以将通过逆向工程推导出来的设计图交给合作方，用来给国家航天科技的大佬们提供另一种思路，也能很好的推动国家太空探索的加速发展。
做好决定就开始行动，向飞通知向晴暂停所有项目，跟她进行沟通之后，认为这个想法完全可行。
随后直接放弃了原计划的整个体系推进，将所有力量放在那座坠毁空间站的设计、材料等逆向工程上面。
在计划调整之后，进度获得了较为明显的提升。
又是一个月时间的过去，向飞暂时结束了飘在空中的日子，回到地面基地。
探索任务还在继续，后续又增加了三个小队的机器人加入探索队伍，这六十台机器人是除去鲲鹏号中能抽调的最大数量了。
但进度任旧很慢，一个多月才推进了三十公里。收获就是那一片的地图，精确到了毫米，也顺便将向晴的废土植物资料库进行了部分更新。
军械库旁边的林间，向飞正卖力的用铲子挖着富含营养的腐殖土，这是他返回地面的主要任务之一。
在鲲鹏号上生活了两个月时间，向飞发现其他的都还好，就是感觉缺了点什么，为此他用脚步丈量了飞艇的所有区域，一直没有想通到底缺了很么。
直到有一天飞艇下降到云层之下，他站在艇首的观察窗向外眺望，看到秋季那五颜六色的群山时，才知道到底少了些什么。
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